Stowarzyszenie zostało założone w Polsce w 2003 roku przez osoby związane zawodowo z nauką o EBM i HTA oraz oceną jakości badań klinicznych.

Głównym powodem powstania Stowarzyszenia CEESTAHC było uświadomienie potrzeby współpracy krajów Europy Środkowej i Wschodniej w celu wspólnego przezwyciężania trudności z wprowadzaniem zasad EBM do ich skostniałych systemów ochrony zdrowia, które "w spadku" pozostawił system komunistyczny.

Od samego początku istnienia Stowarzyszenie zaangażowało się jako współorganizator w prace nad Konferencją HTAi2004, która odbyła się na przełomie maja i czerwca 2004 roku w Krakowie. Była to pierwsza tak duża międzynarodowa konferencja HTA zorganizowana w krajach byłego bloku wschodniego.

Kolejnym dużym przedsięwzięciem Stowarzyszenia CEESTAHC była organizacja Międzynarodowego Sympozjum EBHC "Priorytety w ochronie zdrowia", które odbyło się w Krakowie w dniach 2-3 października 2006.

Obecnie Stowarzyszenia przygotowuje kolejną edycję Międzynarodowego Sympozjum EBHC oraz prowadzi pięć rodzajów szkoleń z zakresu EBM/HTA.